Ilir Gjoni ka lindur në Tiranë më 20 Prill 1962. Është diplomuar në vitin 1985 në Universiteti e Tiranës, Fakulteti Histori-Filologji, dega e Gjuhës Angleze.
Ka dy diploma Master; në diplomaci nga Akademia Mesdhetare e Studimeve Diplomatike, Maltë (1991-1992) dhe Çështjet e Sigurisë Kombëtare në Shkollën Pasuniversitare Detare, Monterey, Kaliforni (2002-2004).
Z. Gjoni ka tridhjetë vjet përvojë në institucione të ndryshme qeveritare dhe joqeveritare. Ka qenë diplomat karriere (MPJ) për gati dhjetë vjet, (1985-1994), gazetar dhe redaktor i lajmeve ndërkombëtare në një nga gazetat më të mëdha të pavarura të vendit (Koha Jone).
Ilir Gjoni gjithashtu ka punuar për organizata ndërkombëtare si UNHCR në pozicionin e Oficerit Ndërlidhës në BO Tiranë (1997-1999).
Përvoja e punës së z. Gjoni përfshin gjithashtu një periudhë relativisht të gjatë si zyrtar i lartë qeveritar, duke shërbyer si Drejtor i Kabinetit të Kryeministrit (1999-2000) si dhe si Ministër i Mbrojtjes dhe i Brendshëm përkatësisht (2000-2002) dhe si deputet i Kuvendit të RSH (2001- 2005; 2009-2013).
Z. Gjoni ka shërbyer si Ambasador i Republikës së Shqipërisë në Konfederatën Zvicerane dhe Principatën e Lihtenshtajnit nga viti 2014 deri në vitin 2023.
Nga shtatori 2023 z. Gjoni është Ambasador, Përfaqësues i Përhershëm i Republikës së Shqipërisë në NATO.
Ilir Gjoni flet rrjedhshëm anglisht dhe kupton dhe flet frëngjisht dhe italisht.

Ai është i martuar dhe ka dy djem.