Në tetor 1991, Kuvendi i Republikës së Shqipërisë e pak ditë më pas edhe qeveria shqiptare e kohës, njohën zyrtarisht  Republikën e Kosovës si shtet sovran e të pavarur, të dalë nga referendumi mbarë popullor që u zhvillua në Kosovë në tetor 1991 e  që zyrtarisht e shpalli Kosovën të pavarur e sovrane. Më 31 tetor 1991, institucionet e Kosovës vendosën hapjen e përfaqësisë së Republikës së Kosovës në Republikën e Shqipërisë, me seli në Tiranë , pranë Muzeut Kombëtar.  Më 30 nëntor 1991 u hap në Tiranë Zyra e Informacionit e Kosovës, jo në nivel përfaqësie. Më 13 janar 1992 u nënshkrua marrëveshja e parë midis Ministrisë për Informim e Kosovës dhe Radio-Televizionit Shqiptar.

Pas zgjedhjeve të para pluraliste në Kosovë të 24 majit 1992, nga ku doli parlamenti i parë pluralist i saj, Kuvendi i Shqipërisë në 1 qershor 1992 riafirmoi edhe njëherë njohjen e Republikës së Kosovës si shtet i pavarur dhe sovran dhe përshëndeti zgjedhjet e zhvilluara në vend.

Pas përfundimit të luftës për çlirimin e Kosovës dhe miratimit të Rezolutës 1244 (1999), në Kosovë u vendos Mandati i Misionit të Administratës së Përkohshme të Kombeve të Bashkuara në Kosovë (UMNIK), i drejtuar nga Përfaqësuesi Special i Sekretarit të Përgjithshëm të Kombeve të Bashkuara.

UMNIK hapi në fillim të vitit 2000 Misionin e tij në Tiranë. Po këtë vit, pas dakordësisë së arritur me UMNIK, qeveria shqiptare miratoi me VKM më 21 shtator 2000 hapjen e Zyrës së Ndërlidhjes së Republikës së Shqipërisë në Kosovë, në nivel të Ngarkuari me Punë/Shef Misioni, terma që u përdorën nga përfaqësuesit shqiptarë në Prishtinë.

Pas shpalljes së pavarësisë së Kosovës, 17 shkurt 2008, më 19 shkurt 2008, qeveria shqiptare miratoi vendimin nr.159 për ngritjen e nivelit të marrëdhënieve diplomatike midis dy vendeve në nivel ambasadorësh. Në tetor 2008 filloi punën edhe ambasada e Republikës së Kosovës në Tiranë. Ndërkohë Misioni i RSH në Prishtinë u ngrit në nivelin e Ambasadës.

Nga shpallja e pavarësisë së Kosovës më 17 shkurt 2008 e në vazhdim, marrëdhëniet dypalëshe ndërmjet Shqipërisë dhe Kosovës kanë njohur vetëm zhvillim e konsolidim, si dy popuj vëllezër e si dy shtete në partneritet strategjik. Që nga viti 2014 deri në vitin 2023 janë zhvilluar disa mbledhje të përbashkëta mes dy qeverive, ku është diskutuar avancimi i projekteve të përbashkëta që përmirësojnë cilësinë e jetës së qytetarëve tanë  dhe lehtësojnë qasjen e tyre në shërbimet që ofrohen në dy vendet tona.

• Politika dhe diplomacia shqiptare janë plotësisht të angazhuara për promovimin e Kosovës, avancimin e mëtejshëm të procesit të integrimit të saj evropian, anëtarësimin e saj në organizatat rajonale e ato ndërkombëtare, si dhe zgjerimin e procesit të njohjeve për Republikën e Kosovës.
• Shqipëria mbështet aktivisht aspiratat e Kosovës për integrim Euroatlantik. Ajo është aktive brenda NATO-s në mbështetje të forcimit të mëtejshme të marrëdhënieve të Kosovës me Aleancën Atlantike.
• Shqipëria e Kosova bashkëpunojnë në mënyrë të koordinuar në kuadër të zbatimit të Tregut të Përbashkët Rajonal të Procesit të Berlinit.
• Shqipëria e Kosova kanë marrë përgjegjësinë dhe detyrimet që nëpërmjet bashkëpunimit dypalësh të institucioneve që kanë në fokus punën me diasporën, po adresojnë dhe kontribuojnë në zgjidhjen e problematikave me të cilat përballet sot diaspora shqiptare në ruajtjen e identitetit kombëtar përmes arsimimit dhe përdorimit të gjuhës amtare, ruajtja e promovimi i vlerave dhe trashëgimisë kombëtare, si pjesë e të drejtave dhe lirive themelore të njeriut.
• Midis Shqipërisë e Kosovës deri tani janë nënshkruar gjithsej 184 marrëveshje, memorandume mirëkuptimi dhe protokolle zbatuese, shumica e të cilave është në proces zbatimi. Palët po ashtu kanë ndërmarrë një sërë angazhimesh, formalizuar në deklarata të përbashkëta. Marrëveshjet shtrihen në fushën e arsimit, kulturës, rinisë, dhe sporteve, bashkëpunimin në fushën tregtare dhe çështjet doganore, bashkëpunimin në fushën e sigurisë dhe drejtesisë, në fushën e infrastrukturës, energjisë e bujqësisë. Në vitin 2023 Shqipëria u bë partneri kryesor në shkëmbimet ekonomiko-tregtare të Kosovës..